? ? ? ? 近日，國家煙草基因研究中心（鄭州煙草研究院）宣布，與國家煙草基因工程研究中心、中國煙草總公司青州煙草研究所、博奧生物暨生物芯片北京國家工程研究中心聯(lián)合攻關(guān)，設(shè)計出一款煙草全基因組分子模塊育種55K SNP芯片。博奧晶典作為博奧生物旗下的產(chǎn)業(yè)化平臺企業(yè)，參與了煙草55K?SNP芯片優(yōu)勢位點篩選、位點評估打分及位點探針設(shè)計等工作，后續(xù)還將承擔(dān)利用該芯片對大量煙草樣本進(jìn)行檢測、數(shù)據(jù)分析等工作。該款煙草基因芯片將在后續(xù)煙草基因研究應(yīng)用、品種定向遺傳改良和全基因組分子模塊育種研究工作中發(fā)揮重要作用。
SNP芯片技術(shù)背景
? ? ? ??盡管目前基于測序技術(shù)開發(fā)分子標(biāo)記的技術(shù)已經(jīng)十分成熟，但是對大量的群體進(jìn)行高通量數(shù)據(jù)分析和標(biāo)記挖掘仍然十分耗時、昂貴并具有挑戰(zhàn)性。SNP芯片作為當(dāng)前最為流行的一款分型工具，具有快速、精準(zhǔn)、價廉等優(yōu)勢，可以應(yīng)用于大批量品種資源的快速分型，極大提高分型的準(zhǔn)確度、縮短分型時間，已被廣泛應(yīng)用于植物全基因組分型、QTL定位、全基因組關(guān)聯(lián)分析和基因組選擇等研究中。
煙草55K SNP芯片
? ? ? ??煙草55K高通量SNP分型檢測芯片位點設(shè)計主要以煙草430K高通量SNP芯片的位點為基礎(chǔ)，并加入部分重測序及其他來源的新位點，經(jīng)過精心篩選后，最終保留62,822個SNP位點（圖1）。
圖1 博奧晶典與國家煙草基因研究中心聯(lián)合攻關(guān)定制煙草55K SNP芯片流程
煙草55K SNP芯片特點：
①?位點篩選嚴(yán)謹(jǐn)：該芯片優(yōu)選群體親本間共有位點、有效標(biāo)記數(shù)量多且分布均勻；
②?注釋信息完整：SNP位點基因組信息（位置、序列信息等）詳細(xì)完整；
③?超高的性價比：該芯片可廣泛應(yīng)用于煙草基因組各項研究，并且成本低、性價比高；
④?自主知識產(chǎn)權(quán)：該芯片具有完全自主知識產(chǎn)權(quán)。
煙草55K SNP芯片應(yīng)用方向：? ? ? ??煙草55K SNP芯片在煙草基因研究應(yīng)用、品種定向遺傳改良和全基因組分子模塊育種研究工作中能夠發(fā)揮重要作用，能夠開展基因組模塊育種材料導(dǎo)入染色體區(qū)段定位、分子模塊鑒定、遺傳背景分析等，快速鎖定與重要表型性狀（如品質(zhì)、抗性等）相關(guān)的基因/標(biāo)記，篩選獲得優(yōu)良性狀煙草新品系，從而大幅提升煙草正向遺傳學(xué)研究的效率，其高通量、高準(zhǔn)確率及高效率的特點已得到行業(yè)應(yīng)用單位的普遍認(rèn)可。
博奧晶典SNP芯片定制推薦流程
? ? ? ??博奧晶典具有強(qiáng)大的科技創(chuàng)新和檢測服務(wù)能力，并具有認(rèn)證芯片實驗體系，19年累計芯片經(jīng)驗，能夠提供穩(wěn)定可靠的結(jié)果。博奧晶典已形成完善的高通量芯片定制流程，首先，得到該物種的參考基因組，通過基因組重測序、篩選已有SNP數(shù)據(jù)庫等方式獲得大量的候選定制位點。然后，通過一系列的生物信息分析對位點及探針設(shè)計進(jìn)行評估，篩選后定制出200-660K高密度SNP定制芯片。該階段密度的芯片更適合用于該物種全基因組GWAS、高密度遺傳圖譜繪制等科學(xué)研究。最后，如果需要更加經(jīng)濟(jì)高效的推進(jìn)精準(zhǔn)化育種、模塊化育種的進(jìn)程，快速鎖定與重要表型性狀（如品質(zhì)、抗性等）相關(guān)的基因/標(biāo)記，就需要進(jìn)一步對位點進(jìn)行篩選，找出更重要的少數(shù)位點定制中低密度SNP芯片（圖2）。
圖2 農(nóng)業(yè)SNP芯片定制推薦流程
博奧晶典科研服務(wù)簡介
? ? ? ??北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司是博奧生物集團(tuán)有限公司暨生物芯片北京國家工程研究中心的產(chǎn)業(yè)化平臺，是清華大學(xué)布局生命健康領(lǐng)域的核心企業(yè)。博奧晶典建立了國際領(lǐng)先的基因組、表觀基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組、微生物組、單細(xì)胞等微觀多組學(xué)多層次服務(wù)技術(shù)平臺和研發(fā)平臺、生命科學(xué)與智能裝備研發(fā)平臺、中醫(yī)藥工程化科學(xué)化研發(fā)平臺、全人全程健康管理大數(shù)據(jù)支撐平臺，檢測實驗室獲得多項CNAS認(rèn)證（中國合格評定國家認(rèn)可委員會）、CMA認(rèn)證（中國計量認(rèn)證）、ASHI認(rèn)證(美國組織相容性及免疫遺傳學(xué)學(xué)會)。質(zhì)量管理體系通過德國萊茵公司ISO9001認(rèn)證，支持國內(nèi)外科研機(jī)構(gòu)及企事業(yè)單位發(fā)表SCI論文1500余篇，雜志總影響因子超過6700分，其中Cell、Nature、Science、JAMA等高水平同行評議論文30余篇。自主研發(fā)和合作研發(fā)的技術(shù)成果兩次榮獲國家技術(shù)發(fā)明獎二等獎，近三年累計取得直接社會經(jīng)濟(jì)效益收入30多億元，在產(chǎn)學(xué)研轉(zhuǎn)化方面取得突出成果。
