博奧晶典高分辨率空間轉錄組平臺
博奧晶典高分辨率空間轉錄組使用原位捕獲和條形碼技術,在亞細胞分辨率(探針簇直徑0.8 μm,相鄰簇中心距離1.4 μm)下獲取整個冷凍組織切片中的轉錄組圖譜,可以在單細胞分辨率水平上研究細胞間的相互作用。目前,該產(chǎn)品兼容冰凍組織(OCT 包埋FF 組織),適用于所有動植物樣本。
1、 表達芯片特征
圖1 博奧晶典高分辨率空間表達芯片示意圖
芯片包括兩種類型:組織透化芯片和基因表達芯片,表達芯片捕獲區(qū)域面積為11*11mm。在捕獲區(qū)域內存在著數(shù)千萬的探針簇,每個探針簇的直徑為0.8 μm,每平方微米有約18000 條探針,用于捕獲轉錄本(圖1)。每條探針捕獲序列由5 部分組成 :
1、P7 和Seq primer:部分測序引物序列;
2、空間Barcode 序列;
3、固定序列:57 nt;
4、UMI 序列;
5、30nt poly(dT) 序列用于捕獲轉錄本;
2、 表達芯片特征
圖 2 博奧晶典高分辨率空間轉錄組實驗流程
由于不同物種、組織來源的樣本所需的最佳透化時間不盡相同,在空間轉錄組測序實驗前,首先要進行組織優(yōu)化。確定好透化條件后,即可進行空間轉錄組文庫構建及測序分析流程。
3、 送樣要求
可以參考《博奧晶典10x FF 冰凍組織空間轉錄組樣品制備及運輸指南》進行樣本制備及送樣;要求 RNA 的 RIN 值大于7 的樣本用于正式實驗。
4、 數(shù)據(jù)表現(xiàn)
圖3 小鼠腎組織空間轉錄分群映射圖
使用博奧晶典高分辨率空間轉錄組平臺, 構建了小鼠腎的高分辨率空間轉錄組圖譜,揭示了腎組織空間分區(qū)結構(圖3)。其次,小鼠腎基因表達圖譜與HE 染色結果相結合可以清晰的了解各細胞類群的基因表達及相互作用,揭示它們對疾病發(fā)生、發(fā)展、治療、預后評估的價值。
圖4 小鼠腎組織空間轉錄分群映射圖
目前對人和小鼠的多種組織,包括嗅球、小腸、腎臟、肝等進行空間轉錄實驗,繪制各種細胞類型在組織中的精細空間分布(圖4)。
5、 平臺優(yōu)勢
亞細胞分辨率:分辨率為1.4 μm,提供高精度的亞細胞空間定位;
單細胞時空組學完整解決方案:結合病理空間信息和單細胞分辨率,與單細胞和Xenium亞細胞空間原位平臺聯(lián)合,從單細胞、空間以及原位高精度解析組織生物學特征;
高捕獲效率及高通量基因檢測:超高密度探針,實現(xiàn)切片組織上捕獲更多的轉錄本信息,對于新轉錄本和低表達豐度的檢測提供優(yōu)勢;
多分辨率分析:支持5-100 μm 分辨率數(shù)據(jù)分析;