博奧晶典高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)
博奧晶典高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組使用原位捕獲和條形碼技術(shù)，在亞細(xì)胞分辨率（探針簇直徑0.8 μm，相鄰簇中心距離1.4 μm）下獲取整個(gè)冷凍組織切片中的轉(zhuǎn)錄組圖譜，可以在單細(xì)胞分辨率水平上研究細(xì)胞間的相互作用。目前，該產(chǎn)品兼容冰凍組織（OCT 包埋FF 組織），適用于所有動(dòng)植物樣本。
1、 表達(dá)芯片特征
圖1 博奧晶典高分辨率空間表達(dá)芯片示意圖
芯片包括兩種類型：組織透化芯片和基因表達(dá)芯片，表達(dá)芯片捕獲區(qū)域面積為11*11mm。在捕獲區(qū)域內(nèi)存在著數(shù)千萬(wàn)的探針簇，每個(gè)探針簇的直徑為0.8 μm，每平方微米有約18000 條探針，用于捕獲轉(zhuǎn)錄本（圖1）。每條探針捕獲序列由5 部分組成 ：
1、P7 和Seq primer：部分測(cè)序引物序列；
2、空間Barcode 序列；
3、固定序列：57 nt；
4、UMI 序列；
5、30nt poly（dT) 序列用于捕獲轉(zhuǎn)錄本；
2、 表達(dá)芯片特征
圖 2 博奧晶典高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)流程
由于不同物種、組織來(lái)源的樣本所需的最佳透化時(shí)間不盡相同，在空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嶒?yàn)前，首先要進(jìn)行組織優(yōu)化。確定好透化條件后，即可進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序分析流程。
3、 送樣要求
可以參考《博奧晶典10x FF 冰凍組織空間轉(zhuǎn)錄組樣品制備及運(yùn)輸指南》進(jìn)行樣本制備及送樣；要求 RNA 的 RIN 值大于7 的樣本用于正式實(shí)驗(yàn)。
4、 數(shù)據(jù)表現(xiàn)
圖3 小鼠腎組織空間轉(zhuǎn)錄分群映射圖
使用博奧晶典高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)， 構(gòu)建了小鼠腎的高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組圖譜，揭示了腎組織空間分區(qū)結(jié)構(gòu)（圖3）。其次，小鼠腎基因表達(dá)圖譜與HE 染色結(jié)果相結(jié)合可以清晰的了解各細(xì)胞類群的基因表達(dá)及相互作用，揭示它們對(duì)疾病發(fā)生、發(fā)展、治療、預(yù)后評(píng)估的價(jià)值。
圖4 小鼠腎組織空間轉(zhuǎn)錄分群映射圖
目前對(duì)人和小鼠的多種組織，包括嗅球、小腸、腎臟、肝等進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)，繪制各種細(xì)胞類型在組織中的精細(xì)空間分布（圖4）。
5、 平臺(tái)優(yōu)勢(shì)
亞細(xì)胞分辨率：分辨率為1.4 μm，提供高精度的亞細(xì)胞空間定位；
單細(xì)胞時(shí)空組學(xué)完整解決方案：結(jié)合病理空間信息和單細(xì)胞分辨率，與單細(xì)胞和Xenium亞細(xì)胞空間原位平臺(tái)聯(lián)合，從單細(xì)胞、空間以及原位高精度解析組織生物學(xué)特征；
高捕獲效率及高通量基因檢測(cè)：超高密度探針，實(shí)現(xiàn)切片組織上捕獲更多的轉(zhuǎn)錄本信息，對(duì)于新轉(zhuǎn)錄本和低表達(dá)豐度的檢測(cè)提供優(yōu)勢(shì)；
多分辨率分析：支持5-100 μm 分辨率數(shù)據(jù)分析；
